Der Zentralrat der Ex-Muslime, der Osnabrücker Hintergrund-Verlag, das Internationale Komitee gegen Steinigung und Todesstrafe und der gemeinnützige Verein für Sprach- und Lernförderung I.so.L.De protestieren gegen den Aufbau von theologisch orientierten „Islamischen Studien“ an deutschen Hochschulen. Bekenntnisorientierte, auf der Scharia basierende Ausbildungszentren an zwei oder drei staatlichen Hochschulstandorten zu etablieren, halten die Unterzeichner für verfassungswidrig. Jeder Schulunterricht hat in der Tradition der Aufklärung zu erfolgen und wissenschaftlichen Standards zu genügen. Ein Islam, der nicht schulreif ist, schadet der Integration und gefährdet die freiheitliche Demokratie.

Ein glaubwürdiges Bekenntnis zur FdGO, besonders unter Berücksichtigung der Gleichberechtigung der Geschlechter, der negativen Religionsfreiheit, der Meinungsfreiheit auch in religiösen Angelegenheiten und der sexuellen Selbstbestimmung wären Grundvoraussetzungen, auf denen auch ein freiwilliger Islamischer Religionsunterricht (IRU) fußen müsste. Wie wenig die islamische Theologie bereit ist, Wissenschaftsvorbehalt, historisch kritische Methode und Außenansicht zu respektieren und zuzulassen, zeigt der Umgang mit dem religions- wissenschaftlichen Ansatz von Sven Kalisch. Der Münsteraner Jurist und Privatdozent war Inhaber des ersten Lehrstuhls für die Ausbildung islamischer Religionslehrer.

Das „religionsbezogene“  (Wissenschaftsrat) islamische Recht, das Körperstrafen wie Hand- abhacken, Fußabhacken und Peitschenhiebe für gottgewollte und gerechte Strafen hält und im Namen Allahs Todesstrafen verhängt und ausführt, sogar steinigt, ist, wie der Großmufti von Bosnien Herzegowina selbst zugibt, integraler Bestandteil der ewigen, unveränderlichen Scharia. Die vier oben genannten Organisationen protestieren gegen offizielle Gespräche mit hochrangigen Vertretern von menschenverachtenden theokratischen Diktaturen wie dem Iran.